El poder judicial está indisolublemente unido a la noción de soberanía, tanto a la noción aristotélica, cuya función era procurar la felicidad a los ciudadanos, como a la noción contradictoria de Hobbes, que observando la existencia de intereses no conciliables entre los ciudadanos –Homo homini lupus–, exigía la existencia de órganos dirimentes, de órganos judiciales que pudieran conciliar intereses y ejercer una legítima función represiva.
La dimensión mediática que en la actualidad está adquiriendo la Administración de Justicia no es buena ni para resolver sus carencias ni para la estabilidad institucional. Es sabido que a las administraciones publicas no les interesan estructuras de contrapoder eficientes. Por otra parte, también entre los componentes de la Administración de Justicia no faltan quienes desean que los gobernantes pertenezcan a otro u otros partidos y abracen otra ideología. Este bucle no es objeto de fácil resolución en ningún país del mundo.
La existencia de un Poder Judicial neutro, respetuoso con el principio de legalidad y eficaz es imprescindible para el normal funcionamiento de un estado democrático. Afirmaba Francesco Carnelutti: es el juez, no el legislador quien tiene ante sí al hombre vivo, mientras que el hombre del legislador es desgraciadamente una marioneta. Solo el contacto con el hombre vivo y verdadero, con sus fuerzas y sus debilidades, con sus alegrías y sufrimientos, con su bien y su mal, puede inspirar esta visión suprema que es la intuición de la justicia.
En el caso de Euskadi, históricamente existió un Poder Judicial propio de los Territorios Forales. Su regulación en el Fuero Viejo y Fuero Nuevo de Bizkaia y en el Fuero General de Navarra era completa.
En Navarra se dividía en merindades y éstas en baylíos (el merino o juez criminal ejecutaba las sentencias emitidas por los alcaldes).
En el Señorío de Bizkaia, los primeros jueces que tuvo este territorio fueron el Prestamero Mayor y los cinco Merinos elegidos por el Congreso General de Gernika.
En Gipuzkoa el senior y el preboste, previstos en el Fuero de San Sebastián, junto al Senior Civitatis ejercen funciones judiciales.
En Araba, los Merinos y Jueces Ordinarios, en virtud de autorización de Alfonso XI en 1332, administraban justicia y en las Ordenanzas de 1417 se establece que la jurisdicción sobre los maleficios que se cometieran de vecino a vecino queda reservados a los Jueces Ordinarios con exclusión de los Alcaldes de la Hermandad.
Lo relevante no es esta estructura primigenia del Poder Judicial Vasco sino la existencia de instituciones que, aún hoy, resultarían modernas. El llamamiento a los delincuentes so el árbol de Gernika en un plazo de treinta días para contestar a las acusaciones que se les hiciera; la existencia del habeas corpus; la existencia del recurso de nulidad y el juicio de responsabilidad que pueda originarse por los Tribunales Superiores de Provincia; la prohibición de torturas o tratos degradantes.
Adrián Celaya en su trabajo La Decadencia del Régimen Foral y los Derechos Históricos afirma que en el País Vasco la organización peculiar de la Administración de Justicia es una pieza clave del régimen foral y esto explica la resistencia a todas las reformas que se intentan en el siglo XIX puesto que el régimen foral supuso un sistema propio en materia de Administración de Justicia, que adquiere un fundamental relieve. En una época en la que la acción pública es limitada, y no se ha desarrollado la enorme actividad del Estado moderno, la Justicia ocupa un lugar muy primordial.
Agustín Arguelles pronunció un conocido discurso en la Comisión Constitucional que elaboró el Proyecto de la Constitución de Cádiz en defensa de las raíces judiciales que se solidifican a partir de la aparición de los villazgos y la atribución de los correspondientes fueros que releva una pronunciada independencia foral en el ámbito primario de la justicia.
Esto es así al menos hasta el 26 de septiembre de 1835, cuando la Reina Gobernadora promulgó un reglamento provincial para la Administración de Justicia que creaba los Jueces de 1ª Instancia, las Audiencias y el Tribunal Supremo, incorporando el orden revolucionario francés a la Administración de Justicia.
El orden judicial vasco consagrado por el Fuero Viejo y el Fuero Nuevo de Bizkaia y el Fuero General de Navarra crea un sistema en el que la primera instancia corresponde, sin excepción alguna, a la pertinente entidad local; a los alcaldes ordinarios en los ayuntamientos de Araba, a los alcaldes de las villas guipuzcoanas y vizcaínas, a los alcaldes de fuero de las merindades vizcaínas, o a los tenientes del Corregidos en las Encartaciones y en el Duranguesado. Dichas entidades locales defenderán su jurisdicción con todos los medios, siendo excepcionales las quejas sobre el funcionamiento de la justicia.
La estructura judicial histórica vasca es objeto de una progresiva erosión por la monarquía española de 23 de mayo de 1845 que van configurando un poder judicial de ámbito estatal (son numerosas las leyes que van incidiendo en esta operación, la de 9 de marzo de 1848 sobre nombramiento y jubilación de jueces y magistrados; el Real Decreto de 1851 estableciendo reglas para la provisión de plazas, etc.).
En el sexenio democrático se culmina con la Ley Orgánica del Poder Judicial en el seno de la Constitución Federal de la República Española. La invocación de los derechos históricos de la Disposición Adicional Primera de la Constitución es un instrumento tan debilitado por la jurisprudencia constitucional, que no serviría para restablecer un poder judicial originario de Euskadi. No obstante, el ajuste de la estructura territorial del poder judicial a un estado compuesto está pendiente. El debate consiste en cómo trasladar un Consejo General del Poder Judicial a Euskadi; en fortalecer las competencias como última instancia procesal del TSJPV; en la desaparición de órganos intermedios como la Audiencia Nacional y en el ejercicio de una actividad normativa de nuestras Instituciones, cuyos conflictos se diriman en Tribunales Vascos por jueces formados en Euskadi, con la misma intensidad que los de la Escuela Judicial actual, potenciando el conocimiento y uso del euskera en el ámbito judicial.