La División para la Protección del Medio Marino de la Dirección General para la Sostenibilidad de la Costa y el Mar, perteneciente al mismo Ministerio, ha propuesto un estudio diferenciado entre el medio marino y terrestre en la zona del monte guipuzcoano. Respecto al medio marino, plantea la necesidad de estudiar que el puerto no afecte a especies y hábitats protegidos por las legislaciones estatal, comunitaria o internacional. Concretamente, pide que se analicen las llamadas praderas de alga roja (Gelidium sesquipedale) y se realice un estudio de las comunidades de cetáceos de la zona y el posible impacto sobbre ellas del tráfico marítimo. Además, la citada División solicita que se analicen los recursos y actividades pesqueras, la calidad del agua y la geomorfología costera.
En cuanto al medio terrestre, cree necesario estudiar los hábitats afectados del Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) Jaizkibel, en los que se encuentran especies protegidas como el brezal atlántico, las turberas ácidas de esfagnos o la Armeria euscadiensis, una flor que se encuentra en peligro de extinción y que se encuentra en los acantilados de la costa vasca, especialmente en Jaizkibel.
"PROBLEMA RELEVANTE" El Ministerio de Medio Ambiente, después de estudiar el Plan Director de Infraestructuras del Puerto de Pasajes y las respuestas de las administraciones públicas y agentes sociales implicados, llega a la conclusión de que "se debe considerar como un problema ambiental relevante la afección" que el puerto exterior "va a producir sobre el LIC Jaizkibel y los fondos marinos asociados que aún no están incluidos dentro de ninguna figura de protección de la Red Natura 2.000".
Es por ello que el Informe de Sostenibilidad Ambiental ha de recoger, según el Ministerio, "actuaciones para prevenir, reducir y, en la medida de lo posible, contrarrestar cada uno de los impactos que se consideren significativos". Entre ellos, además de la afección sobre los hábitats marino y terrestre, el Ministerio dirigido por Elena Espinosa recuerda que la Autoridad Portuaria también tiene que detallar los probables efectos del proyecto de dársena exterior en otros bienes a proteger como el patrimonio cultural. Así, en su Documento de Referencia recoge que la Dirección de Patrimonio del Departamento de Cultura del Gobierno Vasco ha solicitado que se tomen en consideración "la gran cantidad de elementos patrimoniales y yacimientos arqueológicos" en la zona de Jaizkibel.
