Al proceso que hemos descrito de utilizar bacterias u hongos para eliminar los contaminantes de un entorno deteriorado se llama biorremediación. No solo con bacterias u hongos también sigue siendo biorremediación si se utilizan plantas o enzimas derivadas de todos ellos.

Una de sus aplicaciones ha sido en los derrames de petróleo, pero no ha sido el único caso. Recientemente se ha utilizado la bacteria Deinococcus radiodurans, que resiste perfectamente altas dosis de radiactividad pues habitualmente convive con el uranio, para que "coma" tolueno y mercurio procedentes de desperdicios nucleares altamente radiactivos.